NEJZNÁMĚJŠÍ MUTACE VIRU SARS-COV-2 V ČESKÉ REPUBLICE



Na území České republiky bylo od 1. 1. 2021 zaznamenáno více jak dvacet linií SARS-CoV-2. Nejčastěji se vyskytuje varianta britská, s označením B.1.1.7. V ČR ale máme i jihoafrickou nebo indickou mutaci. Jejich výskyt mapují v Ústavu molekulární genetiky AV ČR. Čím se jednotlivé varianty vyznačují a bude na ně fungovat očkování? Přehledový článek vydali 28. 5. 2021 vědci Akademie věd v podobě aktuality Divize vnějších vztahů SSČ AV ČR.

V souvislosti s očkováním, rozvolňováním opatření a klesajícími čísly nakažených v ČR je nyní velmi důležité udržet trend ústupu epidemie, a to zejména důsledným mapováním nových variant viru SARS-CoV-2. Čím intenzivněji a déle se virus rozšiřuje, tím víc se mění.

„Kdybychom koncem minulého roku věděli, že se v Česku šíří plnou rychlostí varianta, která je infekčnější než ta stávající, před Vánocemi by nedošlo k rozvolnění. Situace na začátku letošního roku mohla být mnohem lepší," míní Mgr. Jan Pačes, Ph.D. z Ústavu molekulární genetiky AV ČR, který se zabývá sekvenací vzorků.

Mutace představuje změnu jednoho z 30 tisíc „písmen" v genetické informaci viru. Mutace se označují pomocí kódů, jako jsou třeba N501Y nebo K417T. Pro variantu je typická nějaká skupina mutací. SARS-CoV-2 v populaci přirozeně mutuje s frekvencí jedna až dvě varianty za měsíc.

„Viry se mezi sebou nekříží, postupně jenom přibírají mutace, díky kterým - když jsou výhodné - se šíří víc. Všechny mutace, o kterých se bavíme, se projevují ve spike proteinu, tedy ve špičce na povrchu viru," vysvětluje Jan Pačes.

Ne každá evoluce musí představovat zhoršení situace. Nakažlivost a nebezpečnost viru se může zvyšovat, ale také zůstávat stejná, nebo se dokonce snižovat. Bohužel se však reálně ukazuje, že nové varianty mají zpravidla vyšší schopnost napadat cílové buňky lidského těla.


Americká vládní meziresortní skupina vyvinula schéma klasifikace variant, které definuje tři třídy variant SARS-CoV-2 podle jejich nebezpečnosti:

varianty hodné zájmu
 varianty hodné pozornosti
 varianty významných následků

Zdroj: COG-cz: Přehled variant SARS-CoV-2 v České republice (cas.cz)


4 nejčastější varianty hodné pozornosti na území ČR

Označení „vhodné pozornosti" znamená, že existují důkazy o jejich zvýšené infekčnosti, závažnějším průběhu onemocnění, ztížené diagnostice a slabší účinnosti léčby i vakcín.

Světová zdravotnická organizace na konci května 2021 představila nový systém pojmenovávání variant koronaviru. Pro jednotlivé mutace se začala používat řecká abeceda. Například britská mutace se odteď označuje jako alfa. Zavedené systémy názvosloví pro pojmenování a sledování genetických linií SARS-CoV-2 budou nadále používány. Více ZDE

Britská varianta (B.1.1.7) ALFA

Poprvé se objevila v září 2020 na jihovýchodě Anglie a v polovině prosince už měla na svědomí téměř 60 procent všech nákaz nemocí covid-19 v Londýně. Počátkem roku 2021 se tato vysoce infekční varianta šířila už ve 33 zemích včetně České republiky, kde ji laboratoře zaznamenaly 16. ledna.

„V Česku jsme během podzimu detekovali desítky různých variant, na začátku zimy hlavně naši místní variantu B.1.258. Letos v únoru už naprosto dominovala varianta jediná, a to ta britská. Nadále u nás převažuje," říká Jan Pačes.

Britská varianta kumuluje neobvyklé množství mutací, které odpovídají za 14 záměn aminokyselin ve virových proteinech. Nejvýznamnější je mutace N501Y na jednom ze šesti klíčových kontaktních míst spike proteinu, které se váže na buněčný receptor ACE2 a způsobuje vyšší schopnost viru přichytit se na něm.

......

Jihoafrická varianta (B.1.351) BETA

Sdílí některé mutace s variantou B.1.1.7., ale v Jihoafrické republice se objevila počátkem října minulého roku nezávisle na ní. Vedle Afriky se šíří v Evropě, Americe, Africe, Asii, Austrálii a Oceánii. Přítomnost této varianty se v únoru 2021 potvrdila také v České republice. Lékaře znepokojuje, že u některých mladších pacientů způsobuje kritická onemocnění a také může napadnout ty, kteří už covid-19 prodělali. Zejména kvůli mutacím K417N a E484K virus lépe uniká imunitnímu systému.

...... 

Brazilská varianta (P.1) GAMA

Poprvé ji detekovali na začátku ledna 2021 v Tokiu u čtyř turistů, kteří přiletěli z brazilského státu Amazonas. O několik dní později se potvrdila také v samotné Brazílii, kde v březnu 2021 už stála za většinou nákaz. Varianta má 17 mutací včetně biologicky významných záměn aminokyselin ve spike proteinu. Všechny zvyšují infekčnost viru a vedly k rapidnímu růstu hospitalizací v brazilském městě Manaus. Klíčové mutace K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y jsou podobné jako u jihoafrické varianty, ale obě vznikly nezávisle na sobě.

Brazilská varianta je podle lékařů až 2,2krát nakažlivější než předchozí verze SARS-CoV-2 a je u ní o 25 až 61 procent vyšší riziko, že se lidé nakazí opakovaně. Zhruba 30 % lidí, kteří po nákaze umírají, je mladších 60 let. Podle některých dokladů začala mutovat i sama varianta P.1, takže by mohla být ještě nakažlivější.

......

Indická varianta (B.1.617) DELTA

Jako takzvaná dvojitá mutace se označuje varianta, u níž dochází ke změnám označeným E484Q a L452R. Vykazuje zvýšenou infekčnost i odolnost vůči protilátkám. Poprvé ji zjistili v Indii v prosinci 2020 a koncem března letošního roku představovala v sekvenacích zhruba polovinu nálezů. V současnosti se tato varianta šíří například ve Velké Británii. Během dubna se dostala také do České republiky.


Indická mutace umí lépe obcházet imunitu získanou po prodělání původní verze nemoci.

„Člověk se může touto variantou nakazit znovu, i když covid už někdy měl," řekl pro Český rozhlas virolog Ivan Hirsch.


Lidovky.cz


Sekvenace v Akademii věd ČR 

Mutace se dá zjistit pomocí takzvané sekvenace. Jedná se o přečtení celé genetické informace viru, izolovaného z pacienta, a následnou podrobnou genetickou analýzu. Sekvenováním a monitorováním variant a mutací se zabývá Národní referenční laboratoř pro chřipková a nechřipková respirační virová onemocnění, což je pracoviště Státního zdravotního ústavu. Kapacitně ale nestačilo, takže ve spolupráci s Ústavem molekulární genetiky AV ČR vznikla iniciativa COG-CZ (koronavirové genomy v ČR). Účastní se jí několik institucí, které společně začaly se systematičtějším sekvenováním podle standardů doporučených například Světovou zdravotnickou organizací nebo Evropským střediskem pro prevenci a kontrolu nemocí. Výstupem jsou jednak odborné reporty a jednak anonymizovaná databáze vzorků osekvenovaných v ČR.

Očkování funguje

Podle Jana Pačese je důležité zmínit, že jednotlivé dosud identifikované varianty nemění příliš vlastnosti koronaviru, jedná se pořád o tentýž virus. Jenže i malé změny, například v rychlosti šíření, mohou mít velký dopad, pokud se projeví ve velkém měřítku. Další starost dělají epidemiologům a virologům takzvané únikové mutace, které mění tvar spike proteinu viru, proti němuž si vytváříme protilátky.

„Existující protilátky takovou změnu tvaru nedokážou rozpoznat, takže vir uniká imunitnímu aparátu. Naštěstí míst na jeho povrchu, vůči kterým se protilátky tvoří, je více, takže i když jedno přestane fungovat, ostatní místa jsou stále funkční," uklidňuje Jan Pačes.

Do budoucna přesto očekává, že únikové mutace se budou hromadit a bude potřeba přeočkovat upravenými vakcínami.

V nedávném výzkumu američtí vědci zjišťovali, jak vakcíny Pfizer-BioNTech a Moderna zabírají proti indické variantě. Zjistili, že v jejím případě mají sedmkrát nižší účinnost než u té, která se šířila v začátcích pandemie. Nicméně i proti indické variantě měly efekt. Podle všeho poskytují vysokou ochranu přinejmenším před těžkým průběhem. Odborníci tedy radí, aby dosud neočkovaní lidé nedělali chybu a nečekali na „dokonalou vakcínu proti všem mutacím", ale prozatím využili stávající, které jsou ověřené a registrované.

Zdroj: Divize vnějších vztahů SSČ AV ČR

Zpět